1994 wurde beim Turn- und Sportverein (TuS) Jena eine eigene Basketballabteilung gegründet. Ein Jahr später stieg der Verein in die erste Regionalliga auf, gefolgt vom Aufstieg in die zweite Basketball Bundesliga, Staffel Süd 2001. Zum 01.01.2005 nahm schließlich die Baskets Jena GmbH ihre Geschäftstätigkeit auf. Unter dem Namen POM baskets Jena schafften die Jenaer 2006/2007 unter dem 24 Jahre jungen Björn Harmsen überraschend den Aufstieg in die 1. Basketball Bundesliga. Im Folgejahr stieg das in Science City Jena umbenannte Basketballteam wieder in die Pro A ab und lieferte sich heiße Duelle mit den Mitteldeutschen. MBC-Spieler Frieder Diestelhorst wechselte in der Sommerpause zu Science City Jena, steht den Wölfen aber als Doppellizenzler zur Verfügung, genau wie U20-Nationalspieler Michael Jost. 2008/2009 gab es eine Umstrukturierung in der Führungsebene. Lars Eberlein (wirtschaftlicher Geschäftsführer) und Tino Stumpf (sportlicher Geschäftsführer und Headcoach) teilen sich die Leitung von Science City und erarbeiteten ein neues Vereinskonzept. Science City setzt in Zukunft verstärkt auf den Einsatz von jungen deutschen Spielern. Der sportliche Nachwuchs der Jenaer kommt vom GutsMuths-Sportgymnasium und dem TuS Jena. Dort machte unter anderem der A-Nationalspieler Guido Grünheid seine ersten Basketball-Schritte. Mit den Funkwerk Junior Baskets stellen die Saalestädter eine NBBL-Mannschaft, für die man im Sommer Nationalspieler nach Jena rekrutieren konnte, und ab diesem Jahr geht auch ein JBBL-Team an den Start.